东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。
警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。 这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
剧情是很好的。
映入眼帘的，是樱花烂漫的画面。可爱的和服小女孩在樱花树下拍着皮球，伴着可爱轻快的皮球歌，深深地刻在平次的脑海中。
时不时响起的京都的传统音乐，和弥漫着的浪漫的气息，都是对这部剧场版喜爱的原因之一。啊，多美好的少女情怀～
对于平次，苦苦寻觅的人，原来一直都在自己身边。关于等待。
小兰说，她不讨厌等人，“因为等得越久，在见面时……就会越开心啊。”
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